گرچه سال تولد وی طبق شناسنامه سال ۱۲۷۹ است، اما خود تصریح کرده‌است، که تاریخ صحیح آن ۳۰ شهریور ماه ۱۲۸۱ است. مرگ او رسما در روز ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ ثبت شده است. سن او در آن هنگام ۸۷ سال بود. تشییع جنازه وی با شرکت وسیع ملت ایران و دیگر دوستدارانش از نقاط مختلف جهان صورت گرفت.
این موضوع انعکاس جهانی زیادی داشت و بزرگترین تجمع بشریت در طول تاریخ برای وفات یک شخص به وجود آمد.
فرزندان وی مصطفی، صدیقه، فریده، لطیفه، فهمیه، سعیده، و احمد هستند.
خمینی به گفته خود در روز ۳۰ شهریور ۱۲۸۱ خورشیدی برابر ۲۰ جمادی الثانی ۱۳۲۰، برابر ۲۱ سپتامبر ۱۹۰۲) در شهرستان خمین از توابع اراک در ایران به دنیا آمد. وی کوچک‌ترین فرزند خانواده‌اش بود. او دو برادر و یک خواهر بزرگ‌تر داشت، که عبارت‌اند از مرتضی، نورالدین و آغازاده خانم.مرتضی که به آیت‌الله سید مرتضی پسندیده معروف بود، تا پس از مرگ خمینی زنده بود. نورالدین نیز که روحانی بود و به سید نورالدین هندی شهرت داشت، پیش از انقلاب درگذشت و در قبرستانی قدیمی به نام گلزار شهدای قم (واقع در خیابان انقلاب یا چهار مردان شهر قم) به خاک سپرده شد که اکنون نیز سنگ قبر او با همین نام مشخص می‌باشد.
شرایط تربیتیپدرش سید مصطفی موسوی از معاصرین میرزای شیرازی بود. سید مصطفی پـس از آنکه چنـد سال در نجف علوم و معارف اسلامی را فراگرفته و به درجه اجتهاد نایل آمد، بـه ایران بازگشت و در شهرستان خمین پناه مردم و مرجع آنان در امور دینی بود. در حالی که بیش از ۵ ماه از تولد روح الله نمی‌گذشت، خوانین خمین سید مصطفی را در مـسیر خمین به اراک با گلوله کشتند.
بستگان او برای اجرای حکم قصاص به تهران (دار الحکـومه وقت) رهـسـپار شدند و بر اجرای عـدالت اصرار ورزیدند تا قاتل قصاص گردد. وی دوران کودکی و نوجوانی را تحت سرپرستی مادرش «بانو هاجر»، عمه‌اش «صاحبه خانم» که بانویی شجاع و حقجو بود و دایه‌اش «ننه خاور» سپری کرد. عمادالدین باقی درباره آنها می‌گوید:«روح‌الله که آخرین و کوچک‌ترین فرزند بود، تحت تربیت عمه‌اش صاحبه خانم قرار گرفت و گویا بارها خاطرات مربوط به زندگی و شهادت پدرش را از زبان او شنیده بود... ننه خاور دایهٔ روح‌الله نیز از زنان نادر روزگار بود. او که در شیر دادن به خمینی به هاجر یاری می‌رساند، اسب سواری ماهر بود و حتی از روی اسب تیراندازی می‌کرد و به هدف می‌زد.»روح‌الله در خانواده‌ای اهل علم و دین بزرگ شد. همچنین با توجه به جایگاه خانوادگی خمینی، وی از کودکی مورد توجه و احترام مردم خمین و کمره بود.
پس از اتمام این دروس کسانی که می‌خواستند به تحصیل ادامه دهند، به اراک می‌رفتند. اما با توجه به وقوع جنگ جهانی اول و اوضاع آشفته کشور، دیگر امکان مسافرت به اراک برای نوجوانان وجود نداشت. لذا بزرگان خمین تصمیم گرفتند، مدرسه‌ای به سبک مدارس جدید ایجاد کنند. این مدرسه سه معلم داشت، که یکی مدیر بود و سر کلاس درس هم می‌رفت و یکی دیگر از آنها به نام میرزاعلی خان، معلم زبان فرانسه و یک فرد معمم نیز معلم زبان فارسی بود. «آقا شیخ فضل‌الله» عموی مادر خمینی نیز معلم شرعیات بود. خمینی نیز به این مدرسه رفت. علاوه بر آن خانواده وی که از وضع مالی خوبی برخوردار بودند، برایش معلم سرخانه گرفتند. نام این معلم «افتخارالعلما» بود و در غیاب او مادرش به شاگردان درس می‌داد. آیت الله پسندیده برادر بزرگ خمینی می‌گوید سواد مادرش بیشتر از خود افتخارالعلما بود و من نزد مادرش هیات، نجوم و حساب می‌خواندم. خمینی پس از آن که مقطع ابتدایی را نزد افتخارالعلما تمام کرد، درس مقدمات را نزد «محمدمهدی داعی» شروع کرد. «حاج میرزا نجفی» شوهر خواهر روح‌الله نیز منطق را به او تدریس کرد.
من از بچگی در جنگ بودم… ما مورد هجوم «زلقی‌ها» بودیم، مورد[هجوم] «رجبعلی‌ها» بودیم و خودمان تفنگ داشتیم و من در عین حال که تقریباً شاید اوایل بلوغم بود، بچه بودم، دور این سنگرهایی که بسته بودند در محل ما و اینها می‌خواستند هجوم کنند و غارت کنند، آنجا می‌رفتیم، سنگرها را سرکشی می‌کردیم… ما در همان محلی که بودیم یعنی خمین که بودیم، سنگربندی می‌کردیم. من هم تفنگ داشتم. منتها من بچه بودم به اندازه بچگی‌ام. بچه شانزده هفده ساله، ما تفنگ دستمان بود و تعلیم و تعلم هم می‌کردیم… ما سنگر می‌گرفتیم و با این اشراری که بودند و حمله می‌کردند و می‌خواستند بگیرند و چه کنند [مقابله می‌کردیم]. هرج و مرج بود… یک دفعه هم یک محله خمین را گرفتند و مردم با آنها معارضه کردند و تفنگ دست گرفتند. ما هم جزء آنها بودیم.»
سید روح‌الله خمینی سیزده سال داشت که جنگ جهانی اول آغاز شد و هرچند ایران اعلام بیطرفی کرده بود، لشکریان روسیه، بریتانیا و عثمانی از شمال، جنوب و غرب وارد ایران شدند و کشور را مورد تاخت و تاز قرار دادند و وی شاهد بود، چگونه در نبود حکومت مقتدر مرکزی فوجی از سپاه روس در مسیر خود خمین را مورد تاخت و تاز قرار دادند. وی خود خاطره جنگ جهانی اول را به یاد می‌آورد. او می‌گوید:«من هر دو جنگ بین‌المللی را یادم هست… من کوچک بودم لکن مدرسه می‌رفتم و سربازهای شوروی [روسیه تزاری] را در همان مرکزی که ما داشتیم، در خمین، من آنها را آنجا می‌دیدم. ما مورد تاخت و تاز واقع شدیم در جنگ بین‌المللی اول.»
سید روح الله خمینی پانزده سال داشت، که بیماری وبا در ایران شایع شد و عمه و سپس مادرش مردند.
روح‌الله در سال ۱۳۰۸ خورشیدی با خانم «خدیجه ثقفی» معروف به «قدس ایران»، دختر محمد ثقفی تهرانی ازدواج نمود.
«از مدتها قبل از آمدن آقای بروجردی عمده اشتغال به تدریس معقول و عرفان و سطوح عالیه اصول و فقه بود پس از آمدن او به تقاضای آقایان مثل مرحوم آقای مطهری به تدریس خارج فقه مشغول شدم و از علوم عقلیه بازماندم و این اشتغال در طول اقامت قم و مدت اقامت نجف مستدام بود.
پایان aminkkk